使用OSは２０００で、問題のハードディスクの構成はNTFSのパーティション２つとFAT32のパーティション１つです。

別のエラーを修復するために某サイトの記事を参考に回復コンソールでfixbootの後に続けてfixmbrを実行した後、まともに認識されなくなりました。
警告を無視してfixmbrを実行してMBRを破壊してしまったのかな？　と今となっては思うのですが、当然MBRのバックアップもありません。

出たエラーメッセージ（「Invalid partition table」）を検索して再び回復コンソールでfixbootなどをためしたところでエラーメッセージが「NTLDR is missing」にかわりました。
再び検索するとOSのインストールCDからntldr等４つのファイルを回復コンソールでコピーせよ、とのことで試してみたのですが失敗でした。
このとき上書き保存扱いではなかったので、すでに中身認識されていなかったのかもしれません。

ここに至り、以前このサイトを参考にtestdiskを使ったことを思い出し、再びtestdiskを使って修復しようとしたのですが、症状は悪化し「boot from CD-ROM」等のメッセージが表示される部分に「;」とだけ表示されて止まるようになりました（他のハードディスクから起動しようとしたときでも、問題のハードディスクが接続されると同様に止まります）。



KNOPPIXから立ち上げると問題のハードディスクのデータが見れるので、データそのものは壊れてないようです（すぐに新しいハードディスクを購入してバックアップする予定）。
また、TestDiskで[Advanced]を選んでみたところ、ブートセクタはどちらもOKと出て、Dumpをしても両者同じに見えました。

気になる点は
・[Analyse]を選んだ時に図４の場面でQuick Searchではなく、Proceedと表示されること（押すと図７になる）
・図８でDeeper SearchではなくSearch!と出ること
・図１０でPキーを押してもFAT32のパーティションではファイル名が文字化けし、NTFSのパーティションでは『セグメンテーション違反です』と出てtestdiskが終わってしまうこと

です。

サルベージが完全に成功するかわかりませんし、できれば元の状態に戻したいのですが、自分の力ではどの部分が問題になっているのかわかりません。
どうかよろしくお願いします。

気になる点に関してですが、それはTestDiskのVersionが古いからです。KNOPPIXとかUBCDとかに入っているTestDiskは少し古いバージョンのことがあります。バージョンはTestDiskの画面に表示されます。
ウチのサイトで現在解説しているのは6.10です。すでに本家は6.11になりましたね。最新版が使いたければ、フロッピーでDOSから起動するか、他のWindowsのPCにHDDを繋ぎなおして、そちらからTestDiskを実行するかですね。ただし最新版だから治せる、古いバージョンだから治せないというものではないので、はっきり言って余り最新版にこだわらなくても良いと思います。

そのほかのことに関しては、あまりにいろんなことをやっちゃっているので、こちらからは何とも言えませんね。まずはサルベージをやって、きちんと重要ファイルを回収することに全力をつくすべきかと思います。

お返事遅くなってしまってすみません。
試行錯誤しながらサルベージをした結果、単純にMBRみたいなところが壊れているだけではなく、ところどころデータが壊れているところがあるということもわかってきました。
仮にTestDiskのバージョンを新しくしても以前の状態には戻せそうにはないので、サルベージが完了したらゼロフィルでフォーマットしなおして最初からセットアップしていくことにします。
いろいろとありがとうございました。