win2kのインストールミスし、HDDのパーティションを壊したため
TestDiskで復旧しています。その中で
RAID1にするとHDDの終わりの部分の60788-60800シリンダー
がDiskTestで見えなくなっています。他のRAID1を見てもやはり
HDDの全体容量が1割程度減少しています。
RAID1にすると、HDDの終わりの部分が何に使われるのですか？
(もちろんRAID1のHDDは同じものです)

私はRAIDに関しては全く詳しくないので、お答えすることができません。

ただ気になったことは60788シリンダという数字です。あなたのHDDが標準的なGeometryである255Head/63Sectorだとすると、
CHS=60787/254/63 までの容量は、
60788*255*63*512で499998320640バイト。
次のシリンダ末端であるCHS=60788/254/63になると
60789*255*63*512で5005006545920バイト。

ということで、もしかして500ギガバイト、あるいは2台で合計１テラバイトに関してなんらかの制限があるのかもしれません。まあこれは素人考えですから気にせず、ぜひ原因を探求なさってください。もしもTestDiskに関しての制限事項であったならば、また情報をお寄せ下さい。

状況をもう少し説明します
最初は、RAID0(HDD:1台)でWin2kをインストールしてそのとき
Win2kはシリンダー55356-60800までのパーティションにいたようです
しかし、HDDを追加してRAID1(HDD:2台)にするとHDDの最後が60788
になり、シリンダー55356-60800までのパーティションにいたWin2kは
TestDiskで復旧されなかったです
Promise FastTrak TX2000の制限・TestDiskの制限等
もう少しネットで調べて見ます
確かに、Promise FastTrak TX2000のRAID0(HDD:2台)の場合は
500GB+500GB=1TBにはならないようです